Мужской монастырь, основан в 1600 году Б. Ф. Годуновым. Наименование Заиконоспасского монастырь получил потому, что находился за иконным рядом, существовавшем до 1682 года на Никольском Крестце. В 1647-1814 гг. в монастыре помещалась знаменитая Славяно-греко-латинская академия. Академия была открыта греками, братьями Иоанникием и Софронием Лихудами в 1686 году. Из стен академии вышли многие просвящееные иерархи и проповедники. Из учеников этой академии известны: ученый и поэт М. Ломоносов, архитектор В. Баженов, математик Л. Магницкий, поэт А. Кантемир. Ансамбль мон. сложился в основном в 17-начале18 в.; В 1812 г. мон. был разграблен французскими войсками. После перевода академии в Троице-Сергиев мон. Знаменский мон. стал приходить в упадок. В 1884 г. на его территории открыли духовное училище для детей московского духовенства.
В наше время от древнего комплекса, многократно перестраивавшегося, сохранились Спасская церковь 1661 г., перестроенная в 1720 г. и затем в 1742 г. И.Мичуриным, трехэтажный Братский корпус и здание бывшего Заиконоспасского духовного училища ( Никольская ул., д. 9). Высокий объем церкви, поднимающийся над арочным подклетом и обрамленный рядом колонн, образующих галерею, замыкает северо-восточную сторону вытянутого двора. Церковь сохранила характерную для 17 столетия ярусную композицию.